W czasie ciąży matka przekazuje dziecku przeciwciała, które będą dość skutecznie chronić je przez pewien okres przed niektórymi chorobami zakaźnymi.
Należą do nich: odra, błonica, poliomyelitis (choroba Heinego-Medina), tężec, ospa. Wiele przeciwciał nie przenika jednak przez łożysko i dlatego niemowlę jest wrażliwe na pewne zakażenia i to tym bardziej, im jest młodsze. Najmłodsze niemowlęta nie są jeszcze zdolne do wystarczającej produkcji własnych przeciwciał dla zwalczania zakażenia. Dlatego wprowadzenie szczepień ochronnych stwarza możliwość skuteczniejszego zabezpieczenia niemowląt przed chorobami zakaźnymi. Szczepienie polega na wprowadzeniu do organizmu dziecka albo unieszkodliwionych zarazków, albo wyprodukowanych przez nie substancji, tzw. anatoksyn. Obie postaci szczepionek nie wywołują choroby, mogą natomiast pobudzić organizm dziecka do produkcji swoistych przeciwciał. W ten sposób dziecko ma szanse uniknięcia wielu groźnych dla niego chorób zakaźnych.
Pierwszym takim szczepieniem ochronnym jest, przeprowadzane jeszcze na oddziale noworodkowym, szczepienie BCG, czyli szczepienie przeciwgruźlicze.
Dwa, trzy tygodnie po szczepieniu powstaje w tym miejscu grudka, a potem płytkie owrzodzenie o średnicy 2 – 3 mm. Owrzodzenie to goi się stopniowo, pozostawiając małą białawą bliznę. Cała ewolucja odczynu trwa około 6 tygodni i nie wpływa na ogólny stan dziecka. Powikłania po szczepieniu BCG zdarzają się bardzo rzadko i najczęściej są wynikiem opóźnienia albo wadliwej techniki szczepień.
W I kwartale życia prowadzi się również szczepienie Di-Te-Per. Ma ono na celu uodpornienie dziecka na zakażenie błonicą, krztuścem i tężcem. Aby jednak ten cel osiągnąć, trzeba powtarzać szczepienie Di-Te-Per kilkakrotnie, w określonych odstępach czasu. Zbyt długa przerwa między szczepieniami może spowodować konieczność rozpoczęcia całego cyklu od nowa. Pierwsze szczepienie następuje zwykle na początku 3 miesiąca życia i polega na podaniu 1 ml szczepionki podskórnie. Przed szczepieniem należy dziecku zmierzyć temperaturę i zgłosić się na kontrolne badania lekarskie. Nie wolno szczepić dzieci, u których stwierdzi się ostrą chorobę, przebiegającą z gorączką. Inne przeciwwskazania do szczepień ustali lekarz poradni D. Niemowlę może w ciągu 3 dni po zaszczepieniu mieć stan podgorączkowy, bywa marudne, niespokojne, czasem gorzej je. Bardziej nasilone i długotrwałe objawy wymagają powtórnego zbadania dziecka, ponieważ mogą one być spowodowane towarzyszącym schorzeniom. W okresie szczepienia Di-Te-Per tryb życia niemowlęcia pozostaje nie zmieniony.
W I kwartale szczepimy również dziecko przeciwko poliomyelitis. Szczepienia te przeprowadza się łącznie ze szczepieniami przeciw błonicy, tężcowi i krztuścowi. Pierwsze trzy miesiące życia dziecka to okres, w którym przeprowadza się badania w kierunku wykrycia ewentualnych schorzeń metabolicznych, czyli przemiany materii. Schorzenia te najczęściej wywołane są wrodzonym brakiem we krwi pewnych enzymów (zaczynów), w wyniku czego ustrój jest niezdolny do prawidłowego wykorzystania niektórych składników pokarmowych. Choroby metaboliczne spotykamy na szczęście rzadko. Stosunkowo najczęstszą z nich jest fenyloketonuria. Obecnie w całym kraju wszystkie noworodki i niemowlęta w drugim miesiącu życia poddawane są badaniom w kierunku fenyloketonurii. Badania takie prowadzą wyspecjalizowane ośrodki, a materiał do badań pobierany jest albo jeszcze na oddziale noworodkowym, albo już w domu za pośrednictwem poradni rejonowych. Fakt przebadania dziecka w kierunku fenyloketonurii zostaje potwierdzony odpowiednią pieczątką lub adnotacją w książeczce zdrowia. W przypadku rozpoznania tej choroby, stosowanie odpowiedniej piety może zapobiec jej groźnym następstwom.