Bóle głowy mogą pojawić się w przebiegu wielu chorób. Niekiedy towarzyszą anginie, zapaleniu jam bocznych nosa, uszu, chorobom przewodu pokarmowego, zarobaczeniu lub wadom wzroku. Mogą być również pierwszym objawem poważnej choroby wirusowej, zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych i mózgu, i in.

Jeżeli bóle głowy są uporczywe, chroniczne, nie mijają po zwykłych środkach przeciwbólowych, przyczyna ich wymaga wyjaśnienia i konsultacji pediatry lub lekarza innej specjalności. To właśnie lekarz zlecając kolejne badania diagnostyczne będzie starał się wyeliminować kolejne przyczyny na drodze do zdiagnozowania właściwej przyczyny występowania bólów głowy.